Հովհաննեսը մկրտում էր անապատում և քարոզում ապաշխարության մկրտություն՝ մեղքերի թողության համար։
Այս համարը ներկայացնում է Հովհաննես Մկրտչի ծառայության հիմնական բովանդակությունը։ Նա չէր քարոզում արտաքին ծես կամ դատարկ կրոնական ձև, այլ կոչ էր անում իրական ապաշխարության՝ մտքի, սրտի և կյանքի փոփոխության։ Նրա մկրտությունը նշան էր այն բանի, որ մարդը ճանաչել է իր մեղքը և ցանկանում է վերադառնալ Աստծուն։ «Մեղքերի թողության համար» արտահայտությունը ցույց է տալիս, որ ապաշխարությունը մարդուն բերում է այնտեղ, ուր նա խոնարհ սրտով աղերսում է Աստծո ներողամտությունը։ Հովհաննեսը դեռ չէր տալիս այն ամբողջական շնորհը, որ պիտի տրվեր Քրիստոսով, բայց նախապատրաստում էր մարդկանց սրտերը՝ ընդունելու ճշմարիտ Փրկչին։